O Conselho Nacional de Pesquisas (CNPq) foi instituído pela Lei n o 1.310 de 15 de janeiro de 1951 e visava o fomento à pesquisa científica e à formação de cientistas no Brasil. Foi a primeira grande agência nacional do país e possivelmente da América Latina com a finalidade de financiar e dar impulso às ciências e tecnologias.


Foi criado no contexto do pós Segunda Guerra e da Guerra Fria, um período de forte desenvolvimento científico. A instituição de uma agência de fomento científico no Brasil, conforme afirmou Álvaro Alberto, primeiro presidente do CNPq, ao apresentar o projeto ao presidente da República, devia-se à necessidade de organizar as pesquisas científicas existentes no país e fazer frente às demandas científicas mundiais.Uma grande demanda daquela época voltava-se para a área da física, particularmente da física nuclear, então chamada atômica.


Em outubro de 1945 foi criada a Comissão de Energia Atômica da ONU, onde tentava-se estabelecer uma política internacional de energia atômica, e o Brasil, juntamente com a Índia, era grande detentor de jazidas de minerais atômicos, principalmente de tório e em menor escala de urânio. Álvaro Alberto, representante do Brasil, defendeu a ideia de que o país deveria participar das pesquisas internacionais e da exploração dos minerais atômicos em seu território. Ao regressar ao Brasil, Álvaro Alberto deu início à campanha pela criação do CNPq e, em 1951, logrou sucesso. Na estrutura do CNPq foi instituída uma Comissão de Energia Atômica, que deu origem em 1956 à Comissão Nacional de Energia Nuclear – CNEN, fora do CNPq.


Nas três décadas que se seguiram à criação do CNPq, o Brasil viu crescer o papel político das ciências brasileiras e o desdobramento destas em diferentes áreas de conhecimento. Novos campos científicos e tecnológicos foram sendo incorporadas aos setores do CNPq, originando diferentes comissões de avaliação dos projetos apresentados. O Brasil viveu nesses anos grandes transformações com a mudança da capital para Brasília, o projeto desenvolvimentista, a ditadura militar e o boom econômico - conhecido como “milagre brasileiro”. Logo em 1952, foram criados no âmbito do CNPq o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) e o Instituto de Matemática Pura e Aplicada (IMPA).


Após a Segunda Guerra foi crescente a importância da Amazônia, região entendida como uma das de maior biodiversidade do planeta. Pouco tempo depois entrou em cena a pesquisa espacial, perscrutando a atmosfera, através da GOCNAE.


Na década de 1970, o CNPq foi transferido para Brasília, engajado nos Planos Nacionais de Desenvolvimento, através dos Planos Básicos de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, e teve o nome mudado para Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, mantendo a mesma sigla. Relativamente ao fomento, chama a atenção que as ciências humanas e sociais passaram a figurar no organograma do CNPq somente a partir de 1974. Até então, elas recebiam apoios apenas esporádicos.


O CNPq não fomentou somente a pesquisa individual, mas também instituições, expandindo campos científicos já estruturados e instituindo novas áreas de conhecimento. Em 1955, o Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG), que já existia desde o século XIX, foi integrado ao INPA (que era vinculado ao CNPq), passando a esfera direta do CNPq em 1983. Em 1954, foi criado dentro do CNPq o Instituto Brasileiro de Bibliografia e Documentação (IBBD) - hoje Instituto Brasileiro de Informação em Ciência e Tecnologia (IBICT) e, em 1955, o Instituto de Pesquisas Rodoviárias (IPR), tendo permanecido no CNPq até 1972.


Vale registrar ainda que a partir de 1976 passaram para o âmbito do CNPq ou já foram criados dentro deste vários institutos de pesquisa como o Centro Brasileiro de Pesquisas Físicas (criado em 1949), o centenário Observatório Nacional (1827), Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais (1971), Centro de Tecnologia Mineral (1978), Laboratório Nacional de Computação Científica (1980), Laboratório Nacional de Astrofísica (1985), Museu de Astronomia e Ciências Afins (1985), Laboratório Nacional de Luz Síncroton e Projeto Mamirauá (anos 1990).


O CNPq, que era vinculado à Presidência da República, passou à esfera do Ministério de Ciência e Tecnologia com a criação deste último em 1985. No final da década de 1990, os institutos de pesquisa foram desligados do CNPq, passando à esfera direta do hoje Ministério de Ciência, Tecnologia e Inovações.