A base de dados Prosopon foi construída a partir dos processos de bolsas e auxílios julgados nas reuniões do Conselho Deliberativo do CNPq. Foi, assim, montada uma planilha para cada ano, onde foram registrados os dados disponíveis sobre cada processo, como data da ata, número do processo, tipo de benefício, beneficiário da bolsa ou auxílio e várias outras informações. As informações foram retiradas das atas das reuniões do Conselho Deliberativo, complementadas por informações disponíveis nos anais no período de 1951 a 1973. Os anais descrevem as discussões e resoluções realizadas na reunião do Conselho Deliberativo, redigidos a partir de registros taquigráficos, enquanto as atas contêm apenas a deliberação final sobre cada solicitação. Quando havia discordância entre elas, foi considerada a informação constante das atas, visto que era a resolução final que seguia para implementação.
Prosopon foi, então, estruturada segundo o nome dos cientistas (homens e mulheres), e para cada nome constam os processos em que ele está envolvido. Os cientistas são identificados como solicitante, beneficiário ou orientador, de acordo com a função que desempenham no processo. Assim, num processo o cientista pode ser o beneficiário e em outro o orientador. Em muitos casos, o cientista pode ter mais de uma função, como, por exemplo, ser ao mesmo tempo o solicitante e o beneficiário do auxílio. Os resultados da busca indicarão todos os processos relacionados a um determinado cientista, seja qual for a sua forma de participação. Um processo também pode estar associado a diferentes nomes, cada um numa função diferente. Nesse caso, o processo aparecerá várias vezes, relacionado a cada um dos cientistas indicados.
Devido a inúmeras diferenças de grafias e abreviações, foi realizado pela equipe do projeto um exaustivo trabalho de unificação dos nomes, buscando a sua forma mais completa. No caso de mulheres, que aparecem em alguns processos com os sobrenomes de solteira e em outros com os de casada, foram incluídos todos os sobrenomes, mesmo que a cientista tenha excluído um deles ao se casar. Isso permite que a cientista seja localizada tanto pelo nome de solteira como de casada, independente da época em que a solicitação foi julgada pelo CNPq. A lista inicial, com mais de 22.000 nomes, foi reduzida para pouco mais de 17.000. É possível que ainda existam sobreposições de nomes. Assim, recomenda-se, sempre que possível, fazer a pesquisa utilizando diferentes padrões de busca, de forma a verificar se o cientista aparece com mais de uma grafia.
